O IEP é dividido em áreas que atuam de forma integrada. O Núcleo de Publicações incentiva e orienta a produção de artigos científicos. O Núcleo de Pesquisa tem como finalidade gerar o conhecimento científico através do desenvolvimento de pesquisas institucionais, elaboradas pelo nosso corpo clínico e/ou funcionários em diversas áreas, e pesquisas patrocinadas, realizadas em parceria com indústrias farmacêuticas e/ou empresas de produtos para saúde que colocam a instituição em contato com o que há de novo em diferentes alternativas de tratamento. O Núcleo de Eventos Científicos disponibiliza estrutura completa para gerenciamento, organização e realização de congressos, simpósios, jornadas, workshops, cursos, reuniões científicas e outros, onde são discutidos os mais recentes avanços em diferentes especialidades na área da saúde.

A infraestrutura do IEP contempla dois auditórios com capacidade para 90 pessoas cada, um mini-auditório e uma sala de reuniões. Todos os espaços são equipados com computadores, telões e microfones.

Em março de 2014, foi inaugurado o Centro de Simulação, no bairro da Pompeia, que conta com seis salas e equipamentos de alta tecnologia. O novo espaço possibilita treinamento simultâneo de até 120 profissionais e está estruturado para elaboração de cursos de habilidades técnicas, comportamentais e de simulação que envolvam cenários próximos da realidade, tanto para profissionais internos como externos.

Inaugurado em março de 2009, o IEP promoveu mais de 110 eventos científicos, com aproximadamente 5.200 participantes, já publicou três livros e organizou quatro congressos de grande e médio porte e duas jornadas. O IEP atua ativamente na orientação de pesquisas institucionais, oferecendo suporte regulatório e acompanhando a realização de todos os estudos.​